Este artículo tiene el propósito de mostrar los aportes de la obra de Eugenio Espejo en el campo de la investigación científica, la medicina y la cultura en la Real Audiencia de Quito. Con ideas progresistas y modernas Espejo se convirtió en un importante crítico y referente en la vida cultural de la Audiencia. La revisión historiográfica de la producción científica de Eugenio Espejo permite evidenciar la brillantez de su formación académica y pensamiento, los aportes a la medicina moderna al enfrentar la epidemia de viruela y el intercambio cultural e ilustrado entre el Imperio Español y la Audiencia. Desde una perspectiva clásica de la medicina, el texto de las “Reflexiones sobre las viruelas”, es reconocido como el fundamento de una política de salud, desconocida y urgente implementar en la ciudad de Quito. Desde una perspectiva moderna, los aportes del científico Eugenio Espejo constituyeron una ruptura en la medicina. Con un enfoque social planteó la revisión de las instituciones, de los recursos, de los objetivos, actividades y servicios, que debían llevarse a cabo para mejorar la salud personal y social, dando origen a los fundamentos científicos de la medicina moderna en la Real Audiencia y el Imperio Español.