RNA-Seq Data Analysis in Prokaryotes: A Review for Non-experts
RNA-Seq Data Analysis in Prokaryotes: A Review for Non-experts
ABSTRACTRNA-Seq is nowadays the method of choice for the sequencing of transcripts and transcriptomes in the field of molecular biology and gene expression assays. Until recently, this technique has allowed for the sequencing of RNA transcripts in an unprecedented scale and depth never reached in pr...
| Título de la revista: | Acta Biológica Colombiana |
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| Autor principal: | Andrés Eduardo Rodríguez Cubillos |
| Otros autores: | Laura Perlaza-Jiménez; Adriana Jimena Bernal Giraldo; |
| Palabras clave: | |
| Palabras clave traducidas: | |
| Idioma: | Español |
| Enlace del documento: | http://www.revistas.unal.edu.co/index.php/actabiol/article/view/41010 |
| Tipo de recurso: | Documento de revista |
| Fuente: | Acta Biológica Colombiana; Vol 19, No 2 (Año 2014). |
| DOI: | http://dx.doi.org/10.15446/abc.v19n2.41010 |
| Entidad editora: | Universidad Nacional de Colombia |
| Derechos de uso: | Sin permisos preestablecidos |
| Materias: | Ciencias --> Bioquímica y Biología Molecular Ciencias --> Conservación de la Biodiversidad Ciencias --> Biología Ciencias --> Biología Celular Ciencias --> Ecología Ciencias --> Ciencias Ambientales Ciencias --> Biología Evolutiva Ciencias --> Genética Ciencias --> Limnología Ciencias --> Biología Marina y de Agua Dulce Ciencias --> Micología Ciencias --> Ornitología Ciencias --> Paleontología Ciencias --> Parasitología Ciencias --> Botánica Ciencias --> Zoología Ciencias Aplicadas --> Agricultura |
| Resumen: | ABSTRACTRNA-Seq is nowadays the method of choice for the sequencing of transcripts and transcriptomes in the field of molecular biology and gene expression assays. Until recently, this technique has allowed for the sequencing of RNA transcripts in an unprecedented scale and depth never reached in previous years; nevertheless, the reach and validity of the conclusions generated will depend strictly on an adequate experimental design and a robust analysis of the data. Given the inherent differences between prokaryotes and eukaryotes, the RNA-Seq analysis should take into account the type of organism studied. In this review we present the main factors to take into consideration when designing a consistent analysis for this type of data in prokaryotes, from the experimental design to the in silico analysis of the generated data.ANALIZANDO DATOS DE RNA-Seq EN PROCARIOTAS:UNA REVISIÓN PARA NO EXPERTOSRESUMENLa secuenciación de transcritos con RNA-Seq es hoy en día una de las técnicas más populares en los estudios transcriptómicos. Relativamente reciente, esta técnica ha permitido la secuenciación de transcritos de RNA en una escala y profundidad no alcanzada por otras técnicas anteriores. Sin embargo, el alcance de las conclusiones que se pueden sacar depende estrictamente de un proceso adecuado, desde el diseño experimental hasta el análisis bioinformático de los datos. Dadas las diferencias enel proceso transcripcional de las células eucariotas y procariotas, el análisis de RNA-Seq deberá tener ciertas consideraciones dependiendo del tipo de organismo estudiado. En esta revisión se exponen los principales factores a tener en cuenta paralograr un análisis de RNA-Seq consistente, replicable y concluyente, enfocándose específicamente en organismos procariotas |
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