Con el objetivo de fortalecer el Sistema Nacional de Ciencia y Tecnología Agropecuaria, el Minis­terio de Agricultura y Desarrollo Rural (MADR), a través del proyecto "Transición de la Agricultu­ra", inició en el año 2006 una serie de estudios con miras a la definición de las agendas prospectivas de investigación de 20 cadenas productivas. Esta iniciativa contempló, para el segundo periodo del 2008, la ejecución de la segunda fase de estudios, que incluyó a la cadena productiva de la panela y su agroindustria, en razón de su importancia econó­mica y social, desarrollándose como un subsector dedicado a la generación de productos provenien­tes de la caña de azúcar, posicionándose, después del café, como el segundo renglón generador de empleo y, en quinto lugar, de los cultivos del país en términos de área cultivada. En este artículo se presentan los resultados del estudio cuyo objetivo fue la definición de la agenda prospectiva de inves­tigación de la cadena, para lo cual se implemento una metodología enfocada a la articulación de he­rramientas de gestión tecnológica, como el análisis de desempeño, el benchmarking, la vigilancia tec­nológica y comercial y la prospectiva a través de un sistema de inteligencia tecnológico, lográndose identificar cuatro áreas estratégicas para la investi­gación y desarrollo tecnológico de la cadena, que agrupan 11 demandas tecnológicas las cuales se proponen abordar a través de 41 bases para pro­yectos prioritarios enfocados al mejoramiento de la posición competitiva de la cadena productiva de la panela y su agroindustria.